Del paso de los dominicos por la provincia de Cuenca quedan numerosas memorias. Una de ellas, en Carboneras de Guadazaón, donde los marqueses de Moya fundaron el convento convento de la Santa Cruz de la Orden de Predicadores a finales del siglo XV, haciendo de su templo panteón familiar. La familia formada por don Andrés de Cabrera, su esposa doña Beatriz de Bobadilla y el Arcediano de Toledo, don Juan Pérez de Cabrera, hermano del Marqués, fueron los iniciadores de este importante cenobio. Siempre apoyado por ellos, este convento se dedicó a la enseñanza de la población de los contornos. Durante el siglo XVIII fue Universidad de Filosofía tomista y Teología. Durante las guerras carlistas sufrió importantes daños, de tal modo que el convento quedó vacío en el siglo XIX, y al final vino al suelo.

A su importancia como centro formativo y catequético, sumó el hecho de haber albergado la Santa Hijuela de los Corporales de Daroca (regalo del Cabildo de la Basílica de Daroca a los Reyes Católicos, en respuesta al relicario de oro que donaron para los Sagrados Corporales), volviendo luego a ser regalada por Isabel I de Castilla a su gran amiga Beatriz de Bobadilla, marquesa de Moya y fundadora de este convento, donde lo depositó.

De su enorme dimensión arquitectónica, ha quedado intacta la iglesia, hoy ligeramente aislada de la villa, ofreciendo una portada de bella composición gótico-flamígera en su muro de poniente. El templo es de una sola nave, con planta de cruz latina, ábside plano y bóvedas de crucería de tipo gótico que revelan su construcción en los inicios del siglo XVI. La portada, que merece una visita, es de tipo gótico isabelino, compuesta de dos arcos carpaneles y parteluz, con escudos heráldicos de los marqueses de Moya y jerarquías dominicas tallados en la piedra de la fachada. En esta portada, muy bien conservada, son especialmente interesantes los abigarrados bloques de decoración vegetal que escalan la portada junto a los pilares que forman su estructura.

La historia completa y pormenorizada de este convento dominico ha sido recogida por Enrique Lillo Alarcón, y publicada en un libro de 600 páginas que ha aparecido en agosto de 2022. La referencia de la obra, editada por Aache para el Ayuntamiento de Carboneras de Guadazaón es esta:
Enrique Lillo Alarcón: “Historia del Convento de la Santa Cruz de Carboneras de Guadazaón”. Aache Ediciones, 2022. 594 páginas y numerosas ilustraciones a color. ISBN: 978-84-18131-79-0. PVP.: 30 €.

En el centro de la ciudad, se alza la mole pálida de la iglesia parroquial de San Ginés, que antiguamente fue conventual de Santo Domingo de la Cruz. El monasterio dominico que en el año 1502 fundó en el lugar de Benalaque, hoy despoblado junto a la carretera nacional de Madrid a Guadalajara, en término de Cabanillas, don Pedro Hurtado de Mendoza, séptimo hijo del primer marqués de Santillana, heredero de algunos lugares serranos, como Tamajón y Palazuelos, y adelantado de Cazorla en la guerra de Granada, junto con su mujer doña Isabel de Valencia, fue pronto traído a la ciudad de Guadalajara, siendo erigido frente a la antigua puerta del Mercado, extramuros del burgo, en 1556.

Profesó en este convento, en 1521, fray Bartolomé Carranza y Miranda, luego famoso arzobispo procesado por la Inquisición y desterrado a Roma por publicar un catecismo de pretendidas ideas heréticas, y a él se debe el impulso y los dineros para levantar esta iglesia alcarreña, que por su caída en desgracia quedó a medias del proyecto, seguramente grandioso, que se intentaba realizar en ella. El convento fue construido anejo, y sin ningún detalle artístico, tras sufrir destrozos en la guerra de la Independencia, y habilitado para sede de Hospital Militar tras la Desamortización, fue derribado y hoy ocupado para Centro de Enseñanzas Profesionales.

La iglesia es de recia contextura, con muros de sólida mampostería reforzados por contrafuertes y horadados en su altura por ventanales sencillos de medio punto. La gran fachada orientada al norte, sobre la plaza, es de tallada piedra de los altos alcarreños de Horche. Se forma de dos gruesos machones laterales rematados en pequeñas espadañas de un solo arco que tuvieron campanas. sobre los machones se ven tallados sendos «hércules» provistos de mazas. En el centro del hastial, a la parte inferior, un gran arco de medio punto, casetonado en su intradós, y modernamente recubierto de piedra artificial e inventada puerta de imitación renacentista, sobre lo que fue proyectada fachada cubierta de ornamentación plateresca al estilo de San Esteban de Salamanca, pero que quedó simplemente tapizada de ladrillo y doble arco durante varios siglos. En la parte alta, un óculo central rodeado por moldura sencilla, rematado de escudo de la orden de Santo Domingo sobre flamero y escoltado de desgastadas tallas de posibles apóstoles o santos.

El interior es de una sola nave, con capillas laterales amplias, comunicadas entre sí por pequeños pasadizos. Gran coro alto a los pies del templo. Acusado crucero, con presbiterio alto. De la antigua riqueza que en el orden artístico atesoraba esta iglesia, sólo quedan los destrozados restos de algunos enterramientos, violentamente maltratados en julio de 1936.

A los lados del presbiterio están los enterramientos de los fundadores, don Pedro Hurtado de Mendoza y doña Juana de Valencia. Sus figuras, orantes, con magníficas vestiduras de la época, aparecían ante un fondo de tallada decoración geométrica, orlados de columnas y frisos platerescos, con escudos, y sobre un podio en que las virtudes teologales escoltaban a las armas de los respectivos apellidos. Hoy son estos enterramientos una masa informe de piedras machacadas. Eran obras del siglo XVI en sus comienzos, traídas a este templo desde el abandonado y derruido de Benalaque.

Rematando los brazos del crucero, en sendas capillas de manieristas bóvedas con relieves antropomorfos, están los enterramientos de los primeros condes de Tendilla, don Iñigo López de Mendoza y su mujer doña Elvira de Quiñones, magníficas piezas de la estatuaria funeraria gótica a fines del siglo XV. Estaban en el monasterio jerónimo de Santa Ana, en Tendilla, fundado por ellos, y fueron traídas en el siglo XIX a este templo de la capital para salvarles del abandono. En ellas se veía al señor y señora, yacentes, ataviados a la usanza noble de la época, y a sus pies un paje teniendo la celada del conde, y una dama vigilando el sueño de la señora. Gran profusión de hojarasca, cardinas y animales fantásticos propios del estilo. El asalto del templo en 1936 dejó estas hermosas piezas destruidas en gran manera.